В игре представлены локальные многопользовательские сражения для 4 игроков, а также персонажи из арки Миссии Преследования Итачи, включая Саске и членов Хеби. Он также включает в себя командные техники, например, когда Наруто и Джирайя одновременно выполняют Расенган. Он включает в себя сюжетную арку, разработанную Cyberconnect2, которая является уникальной для этой игры, а также обычную, которая следует за сюжетной линией Наруто: Шиппуден, и ту, которая следует за сюжетом Саске, а также является эксклюзивной аркой под названием Режим Истории Филлеров, продолжением предыдущей арки. В нем 50 игровых персонажей, однако персонажи до таймскипа недоступны.
Полное соответствие аниме-сериалу. Сюжет Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 соответствует истории, рассказанной в сериале Naruto: Shippuden.
Никаких ограничений в мультиплеере. Все отличительные особенности игрового процесса и возможности персонажей доступны в полном объеме, как в одиночном прохождении, так и при игре по сети.
Головокружительная скорость. Отличительная особенность сериала — динамичные и захватывающие бои— полностью реализована в игре, с тем лишь отличием, что теперь игрок не наблюдает со стороны, а сам участвует в действии.
Battle Mode — многообразие возможностей. Battle Mode — это более пятидесяти персонажей, включая недавно появившихся в сюжете аниме-сериала, различные комбинации в мультиплеере, поддерживающем до четырех человек (1 vs 1, 1 vs 2, 1 vs 3 и 2 vs 2), а также новые режимы и техники ведения поединка.
Сюжетный режим Master Road. Чтобы стать настоящим ниндзя придется пройти более восьмидесяти миссий, часть из которых повторяет эпизоды сериала, а некоторые сделаны специально для игры. Проходить задания можно как в одиночку, так и с друзьями в кооперативном мультиплеере. Все успешные действия вознаграждаются новыми персонажами и действиями, фоновой музыкой, картинками и прочими бонусами.